Im 15. Jahrhundert nahm der Weiler, der von den Rochats aus L’Abbaye gegründet wurde, definitiv den Namen Les Charbonnières an. Diese Bezeichnung kommt von der intensiven Nutzung der Wälder zur Holzkohlenproduktion. Holzkohle wurde in den damals zahlreichen Eisenwerken im Vallée de Joux und in Vallorbe verwendet.
 
Seit Beginn übten die Einwohner von Les Charbonnières gleichzeitig die Berufe der Landwirtschaft und der Industrie aus. Bis Mitte des 16. Jahrhunderts gab es viele Schieden, Eisenerzminen und ein richtiges Industrieviertel in Bonport, zwischen den zwei Seen. 

Les Charbonnières ist die Wiege des Vacherin, dessen Ursprung auf das 19. Jahrhundert zurückgeht. Der mit Baumrinde umrandete Rundkäse, der seine Reifung in einer Tannenholzschachtel erreicht, hat schnell die Märkte von Lausanne, dann Genf und einigen anderen Schweizer Städten erobert. Jetzt nimmt die Käsesorte jedes Jahr an internationalen Wettbewerben teil, von denen sie regelmässig Medaillen nach Hause bringt. Im 20. Jahrhundert wurde seine Produktion stark ausgebaut und erreichte mehr als 500 Tonnen. 

Nach einer Zeit des Umdenkens zum Einsatz von neuen Produktionstechniken, um den strikten Lebensmittelnormen unserer Zeit gerecht zu werden, hat die Produktion wieder neue Höhen erreicht, ganz zum Glück der feinsten Gourmets. Der Vacherin Mont d’Or wird nur im Winter hergestellt und wird von September bis April zum Verkauf angeboten. 

Die Enzianbrennerei vervollständigt die Spezialitätenauswahl des Dorfes. 

Seitens Industrie haben sich mehrere Uhrmacher- und Edelsteinateliers Anfang des 20. Jahrhunderts in Les Charbonnières niedergelassen. Die Fabrik von Zénith wurde 1917 erbaut. Diese wurde bald von Hector-Albert Rochat übernommen; 1982 wurde sie umbenannt in Valtronic. Die Firma, die sich auf Mikroelektronik spezialisiert hat, kennt heute weltweiten Ruf.